化学方法：臭氧、氯、酒精、去垢剂等等

物理方法：加热、渗透压、辐射和过滤 

等效的杀菌方法还包括臭氧处理以及紫外光氧化。

细菌的DNA暴露在紫外辐射之下会被改性。这一过程不可逆。最有效的杀菌波长在265nm左右，

这是因为这一波长的紫外光能量最易被像胸腺嘧啶和胞嘧啶这样的嘧啶碱基所吸收。细菌的

灯的类型和照射时间，同时和水通过紫外灯的驻留时间以及流速相关。

臭氧处理：

   卓越超纯水系统臭氧是一种有效的杀菌剂。和化学处理（比如氯处理）不同，臭氧处理不会产生任何化学残留物，因此不会有任何有害的副作用。氧化细菌和其他化学药剂后，臭氧会在20分钟内自行消解，分解为纯氧气。这种方法成功的应用于无菌水的生产。