医院主要有内一科(消化、内分泌、、血液、神内)、内二科(心血管、呼吸、肾内含风湿免疫科、血液透析)、 外一科(神经外科、骨科、烧伤整形外科专业)、外二科(普外科、心胸外科、泌尿外科)、重症医学科、儿、妇产、口腔、五官、传染、急诊、康复、麻醉、检验、病理、影像、中藏医、中西医结合、预防保健等专业，业务科室46个, 职能科室15个。担负着全州人民及比邻我州的青海果洛州、玉树州的久治、班玛、达日、囊谦等县、甘肃省甘南州的玛曲、等县及四川甘孜州的色达、丹巴、新龙等县的人民医疗、保健和康复工作，承担着阿坝州卫校及部分大专院校学生的实习和全州各医疗卫生技术人员的进修任务，是全州最大的综合性医院和医疗、保健康复、教学及临床科研中心。