1、 超纯水机产生超纯水后很容易被污染，所以生产后马上就用是最好的选择。只有把超纯水接触空气的时间减少得越短，才越能保持水的纯度。

2、 在配制高纯度的化学试剂的时候尽量不要让超纯水在桶里面存放，因为桶使用的时间长了就容易滋生细菌和杂质，造成对超纯水的污染。

3、 取水时让超纯水随着容器壁向容器内流，尽量不产生气泡，可以降低空气对超纯水的污染。

4、 长时间不用水要将桶内的RO水全部放掉以防止污染。

5、 超纯水机长期不使用的时候就应该将初期产生的纯水放掉，以确保水质。

6、 超纯水机至少应7-10天通一次水，以保证水质。

7、 储水桶请勿放置在日光直射处，水温的上升将容易造成微生物繁殖。特别是半透明的储水桶，会因为日光通透而造成藻类繁殖。

8、 请不要在终端滤器后再连接软管，使用直接取水的方式才能获得纯度高的超纯水。

9、 越纯的实验室用水，越不宜久放。因为对18.2MΩ.cm的超纯水来说，放置1小时之后， 电阻率会下降至4MΩ.cm，PH 则降至5.7左右，更不用说用水环境及容器所造成的污染 (如空气中灰尘、接触容器所产生的溶出物以及储水桶的微生物污染)。